碧水源研发中心位于北京雁栖经济开发区，占地5.5万平方米。研发中心针对“水脏、水少、饮水不安全”的水环境问题，专门从事于膜材料制造、膜设备制造和膜应用技术研发与技术服务。

公司每年将归属母公司净利润的10%投入技术研发，研发类人才近1000人。截至目前，碧水源已拥有超过500项专利技术，获得了国家科学技术进步二等奖、教育部科技一等奖等诸多荣誉，承担了国家“重大水专项”、“863”计划、“国家科技支撑计划”等国家级课题，并建有“博士后工作站”和“国家工程技术中心”，先后与清华大学、新南威尔士大学等成立联合研发中心。